Обычно, если алгоритм не может сходиться, он не может найти одно решение. Это может быть либо потому, что нужно делить на ноль, либо, если это итеративно, переход между несколькими решениями. Не будучи экспертом в логистической регрессии, в вашей ситуации это должен быть первый случай.
По-моему, именно поэтому текст предлагает свернуть категории. Это должно устранить ноль, потому что сумма двух или более ячеек будет больше нуля, если задействована одна ненулевая ячейка.