Как перебрать скрипт с SLURM?(sbatch и srun) - PullRequest
Новая
       17

Как перебрать скрипт с SLURM?(sbatch и srun)

0 голосов
/ 16 мая 2019

Новый для slurm, у меня есть скрипт, который был написан для многократного выполнения одной и той же команды, который имеет несколько входов и выходов.Если у меня есть другой сценарий оболочки, есть ли способ, которым я могу пройти через это в нескольких командах srun.Я думал, что вы будете что-то вроде:

сценарий оболочки: 

#!/bin/bash
ExCommand -f input1a -b input2a -c input3a -o outputa
ExCommand -f input1b -b input2b -c input3b -o outputb
ExCommand -f input1c -b input2c -c input3c -o outputc
ExCommand -f input1d -b input2d -c input3d -o outputd
ExCommand -f input1e -b input2e -c input3e -o outpute

сценарий sbatch 

#!/bin/bash
## Job Name
#SBATCH --job-name=collectAlignmentMetrics
## Allocation Definition
## Resources
## Nodes
#SBATCH --nodes=1
## Time limir
#SBATCH --time=4:00:00
## Memory per node
#SBATCH --mem=64G
## Specify the working directory for this job

for line in shellscript
do
    srun command
done

Есть идеи?

1 Ответ

0 голосов
/ 17 мая 2019

Попробуйте заменить for цикл следующим: 

while read -r line; 
do 
    if [[ $line == \#* ]]; continue ; fi
    srun $line
done < shellscript
...