Так же, как sjahan написал для вас, в вашей функции setTimeout ключевое слово this больше не указывает на экземпляр класса, а скорее на объект окна.
используйте вместо этого функцию стрелки, измените
Mesh.prototype.stopBlink = function(obj, duration) {
setTimeout(function() {
console.log(this.interval);
clearInterval(this.interval);
}, duration);
}
на
Mesh.prototype.stopBlink = function(obj, duration) {
setTimeout(() => {
console.log(this.interval);
clearInterval(this.interval);
}, duration);
}