Если операция Q # не использует кубиты или кватум-специфические вентили, будет ли CLR генерировать байт-код, который будет выполняться ЦП, а не QPU (квантовым процессором)?
Да, именно так. Компилятор Q # переводит чисто классические части вашего кода в C #, который компилируется (компилятором C #) в стандартный .NET MSIL, JIT выполняется средой выполнения .NET Core и выполняется на обычном ЦП.