Если вы сначала зайдете в свой терминал и активируете виртуальную среду:
$ source venv/bin/activate
или
$ conda activate venv
для среды conda.
И после этого шага выполните следующее:
$ jupyter notebook
И когда вы создаете новый скрипт, он должен дать вам возможность выбрать python3/python2
, выбрать тот, который решает вашу задачу. И этот скрипт будет использовать активированную среду. Вы можете проверить это, импортировав библиотеку, специфичную для этой среды.