Вы можете использовать дубликат - это соответствует тому, что у вас есть
x <- data.frame(
store = c( "a","b","a","b","c","a","c"),
camp = c(1,2,1,2,2,1,2),
var = c( "ax","bx","ax","bx","cx","ax","cx"),
value = c( 200,100,200,100,100,200,10))
x[ duplicated( x[ , c( "store","camp","var")]) ,"value"] <- NA