Масштабное преобразование данных RNA seq raw count - PullRequest
0 голосов
/ 08 апреля 2019

У меня есть данные RNA seq необработанных количеств генов, которые я хочу преобразовать для линейного моделирования. Я пытаюсь сделать преобразование, сделать взвешенный анализ.

Фрейм данных: prac_count_10

gene         S1     S2    S3   S4    S5 
ENG0000456   0      1     10   145   24
ENG0000458   7      2     9    0     0
ENG0000657   76     12    56   10    2 
ENG0000689   0      0     0    3     5  

Код:

prac_prac_10 <- voom(prac_count_10[,2:5], design=NULL, lib.size=NULL, 
  normalize.method = "none", span = 0.5

Однако это не дает выходных данных с именами образцов генов и значениями logCPM. Хотели бы вывод со значениями идентификатора гена и logCPM для линейного моделирования.

Также пробовал:

cpm <- cpm(prac_count_10)
lcpm <- cpm(prac_count_10, log=TRUE)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...