Как получить непрерывную шкалу в pheatmap - PullRequest
0 голосов
/ 11 июля 2019

Я работаю с данными микрочипов и для представления данных мы решили использовать тепловые карты. Я использовал pheatmap для того же.

Использование кода

my_palette <- colorRampPalette(c("green", "black", "red"))(n = 9999)

pheatmap(list, color = my_palette, cluster_rows=T, cluster_cols=F, show_rownames=F, main="All Conditions", border_color=NA, labels_col=c("SKF","ABeta","CSP","TTK21"))

Я получил the heatmap

Как вы можете видеть, в верхнем правом углу изображения находится шкала масштаба, которая показывает белый пробел вокруг значения -2,5

Пожалуйста, сообщите мне о любых ошибках в коде, потому что я настроил палитру в соответствии с доступным кодом.

Редактировать: Пример данных (хранится в виде матрицы, именованного списка)

ген SKF ABeta CSP TTK21

A 0,05466 -0,0154254 0,011404 0,96582

B 1,05325 0,015212 0,22360 10,00140254

C 2.002102 20.200052 1.214325 1.25355

D 0,05466 -0,0154254 0,011404 0,96582

E 1,05325 0,015212 0,22360 10,00140254

F 2.002102 20.200052 1.214325 1.25355

G 0,05466 -0,0154254 0,011404 0,96582

Н 1,05325 0,015212 0,22360 10,00140254

I 2.002102 20.200052 1.214325 1.25355

P.S. В этом примере я трижды повторил данные о первых трех генах, но проблему можно понять. Структура тепловой карты не будет воспроизводимой, как показано выше, но белый разрыв сохраняется.

Спасибо.

...