Какая у вас продолжительность эффекта установлена? Значение по умолчанию составляет 1,0 секунды. Попробуйте уменьшить это, чтобы эффект не занимал так много времени и мог завершиться до следующего щелчка.
<a href="#" onclick="Effect.Shrink('myDiv', { duration : 0.1 } );">Shrink</a>
<div id="myDiv">
....
</div>