FLV - это просто формат контейнера - фактические кодеки, используемые в FLV, различаются. Кроме того, сами кодеки запатентованы, что означает наличие правовых барьеров для их использования.
Согласно Википедии , файлы FLV, вероятно, содержат видео, сжатое с использованием Sorenson Spark или VP6. Если вы знаете, какой кодек использует ваш фильм, вы можете попытаться найти библиотеку, которая будет работать с ним.
Вполне вероятно, однако, что уже есть инструменты для кодирования или перекодирования FLV-файлов, которые вы можете использовать через JAVA или другой язык.