Я никогда не использовал ImageJ, но, думаю, ваш вопрос не зависит от ImageJ: -)
Если вы используете ImageJ из Java, у вас будет класс с методом main. Просто щелкните правой кнопкой мыши по классу и затем «запустите» в появившемся меню.
После завершения вашей программы в верхнем левом углу появившегося маленького окна появляется значок «Выполнить».
Я думаю, это уже близко к запуску скрипта.
Groovy будет лучшей отправной точкой для написания сценариев (так как это частично язык сценариев). Вы можете написать код на Groovy в версии для сообщества IntelliJ, но для полной поддержки вам нужна окончательная версия. Так что я думаю, что отличная консоль доступна только в окончательной редакции ...
Все остальные варианты, которые мне известны, не дадут вам автозаполнения, а только отладчик бедняков (println)
Надеюсь, это поможет