Android поддерживает OpenGL ES 1.0, который перекрывается с OpenGL 1.3, так что это должно быть возможно, но это не так просто, просто заменить файлы JAR во время выполнения.
Хорошей идеей будет попытаться максимально использовать ваше приложение на обеих платформах.
В любом случае, в общем случае хорошей практикой является изоляция всего остального кода от внешних зависимостей, таких как OpenGL, даже если вам не требуется поддержка OpenGL ES. Вы никогда не знаете, на какую API / платформу вы можете портировать свое приложение в будущем.
Доступны 2 варианта.
Первое - это скрыть реализацию OpenGL за интерфейсом, который использует остальная часть вашего приложения, а затем предоставить отдельные реализации Jogl и Androide. В зависимости от того, на какой платформе вы работаете, вы можете выбрать правильную реализацию во время выполнения, используя фабричный шаблон.
Поскольку OpenGL ES и OpenGL очень похожи, усилия, необходимые для их сохранения, не должны быть слишком большими, если вы будете придерживаться общих функций.
Другой вариант - попробовать Jogl2, в котором есть поддержка профилей. Похоже, они обеспечивают именно то, что вам нужно, но Jogl2 все еще находится в бета-версии.
Внизу этой страницы немного говорится о профилях: http://kenai.com/projects/jogl/pages/FAQ
Профили позволяют писать приложения Java таким образом, чтобы обеспечить совместимость с несколькими версиями OpenGL одновременно. Поскольку OpenGL ES (GL для встраиваемых систем) имеет перекрывающуюся функциональность с самим OpenGL, он открыл возможность добавлять даже профили, которые соединяют реализации на рабочем столе и встраиваемые реализации.
Возможно, вы захотите прочитать это http://michael -bien.com / mbien / entry / jogl_2_opengl_profiles_explained для получения дополнительной информации о профилях.