Рекомендую проверить адрес сброса вектора и BootROM. Если я правильно помню, все ядра ракетных чипов построены так, чтобы запускаться из бутрома из коробки. Я считаю, что Zynq Config одинаковы, но у меня нет опыта использования Zynq config.
Дизайн может загружаться правильно по неправильному адресу, поэтому процессор, вероятно, будет запускать мусор до запуска сеанса отладки.
Если вы хотите загружаться из энергонезависимой памяти, вам придется изменить этот адрес.
Надеюсь это поможет.
Киран