Мне нужно найти гены, которые перекрывают делеции и точечные мутации, которые я обнаружил в своем анализе.
У меня есть файл со списком ремонтных генов, у меня есть 3 файла:
- Список генов восстановления
RepairGenes.bed
- Список удалений
Deletions.tsv
- Список точечных мутаций
PointMutation.pm
RepairGnes.bed
start end Name
133589333 133763062 ABL1
105235686 105262088 AKT1
40736224 40791443 AKT2
109525996 109531436 ALKBH2
Deletions.tsv
start end
1823208 1831709
3631182 3661599
127006 135852
2089816 2097867
PointMuation.pm
position
396264
774520
774692
1574863
Мне нужно найти список всех генов, которые перекрываются (представьте, как пересечение между двумя наборами) RepairGenes.bed, Deletions.tsv и PointMutation.pm .
Я попробовал несколько пакетов от Biocondictor, таких как IRanges и GenesOverlap, но они, кажется, делают что-то еще.
Кто-нибудь знает, как мне справиться с этой задачей?