Нахождение перекрывающихся областей с помощью цикла for в R - PullRequest
0 голосов
/ 04 октября 2019

Я работаю над поиском и возвратом элементов в файле аннотации человеческого генома, которые перекрываются с заданной областью генома в R, но это должно быть с циклом for.

Пока это кодУ меня есть, но я не уверен, что это правильно, потому что я не уверен, что именно вернуть, и это продолжает давать мне ошибки. Любая помощь приветствуется:

 genome <- "gencode.v31.annotation.gff3.gz"
 cat("Loading", genome, "at", date())


 genomeTable <- read.table(genome, header = F, sep = "\t", nrows = 1000)

 colnames(genomeTable) <- c("seqid", "source", "type", "start", "end", 
 "score", "strand", "phase", "attributes")

chr = 10
q.start = 10000
q.end = 20000

for(i in genomeTable){

  if (i < q.start) {

   return FALSE
  }

  if (i > q.end){
   return FALSE
  } else {
    return TRUE
  }

} #END FOR LOOP
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...