Я знаю, что этот вопрос задавался раньше.Я искал через темы, и ничто не имело для меня большого смысла.По общему признанию, я новичок в биоинформатике, так что, возможно, ответ ясен кому-то с большим опытом.
Я пытаюсь использовать BWA, чтобы выровнять чтения с эталонным геномом и сохранить сброшенные чтения, поскольку я ищупотенциальная патогенная ДНК (действительно РНК), которая могла бы заразить хозяина.
Я создал, я думаю, правильно, индекс эталонного генома.У меня есть следующие файлы:
_genome.fa
_genome.fa.amb
_genome.fa.ann
_genome.fa.bwt
_genome.fa.pac
_genome.fa.sa
Я хотел выровнять парные чтения с этим индексом и сохранить выбросы.Этот код:
module load swset/2018.05
module load gcc/7.3.0
module load bwa
bwa mem ~/correctpath/_genome.fa correctfilename_R1_001.fastq correctfilename_R2_001.fastq -a > sample_bwa.sam
Я продолжаю получатьошибка:
[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files
Я на 99% уверен, что пути к файлам верны.Возможно, я загрузил не ту версию BWA.Возможно, я неправильно создал индексы.Или, может быть, в моем коде bwa mem что-то явно не так.
Опять же, я попытался прочитать другие подобные посты, но ничто не имело для меня большого смысла.В чем, вероятно, моя вина.
Может кто-нибудь помочь?
Спасибо!