Использование руководства на:
Как построить круговые диаграммы в haploNet Haplotype Networks {pegas}
Мне удалось построить гаплотип для моих данных. Вот мой код:
library(ape)
library(plyr)
library(pegas)
## example.DNAbin is the DNAbin class object with the alignments
d <- example.DNAbin
e <- dist.dna(d)
h <- pegas::haplotype(d)
h <- sort(h, what = "label")
(net <- pegas::haploNet(h))
ind.hap<-with(
stack(setNames(attr(h, "index"), rownames(h))),
table(hap=ind, pop=rownames(d)[values])
)
col.vec <- adjustcolor(rainbow(ncol(ind.hap)), alpha=0.4)
par(bg="white")
par(mar=c(1,1,1,1))
plot(net, size=attr(net, "freq"),
scale.ratio=3.00, pie=ind.hap, bg=col.vec, fg="white")
title(main = "Haplotype Network Plot\n of Project AGBOU",
line = -2.5, col.main= "black", cex.main=2)
Вот сюжет, который я получил:
Я хотел бы внести следующие изменения:
- Изменить цвет ребер (важно)
- Изменить цвет клещей (важно)
- Изменить цвет текста внутри кружков (не очень важно)
Я хотел бы получить изображение, подобное приведенному ниже:
Мне не удалось выяснить параметры, необходимые для команды построения или правильную комбинацию функций для достижения этой цели.
Я надеюсь, что кто-то здесь может помочь. Спасибо.