Как добавить информацию о центромере в объект Gviz IdeogramTrack? - PullRequest
Новая
       35

Как добавить информацию о центромере в объект Gviz IdeogramTrack?

0 голосов
/ 27 июня 2019

Я использую пакет R Gviz для построения моих данных глубокого секвенирования.Я работаю с Saccharomyces cerevisae геномом.Когда я добавляю трек идеограммы хромосомы к своим графикам, центромера не отображается. 

library(Gviz)
sacCerIdeoTrack <- IdeogramTrack(genome = "sacCer3", chromosome = "chrI")
plotTracks(sacCerIdeoTrack, from = 180e3, to = 220e3)

дает этот график.

В отличие от этого, когда я делаю то же самое, используянапример, в геноме человека указывается положение центромеры. 

library(Gviz)
humanIdeoTrack <- IdeogramTrack(genome = "hg19", chromosome = "chrX")
plotTracks(humanIdeoTrack, from=85e6, to=129e6)

дает этот график.

Я предполагаю, что информация Saccharomyces cerevisae центромера не являетсядоступно из онлайн-источника UCSC, откуда функция построения IdeogramTrack извлекает данные.Есть ли способ добавить информацию о положении центромеры вручную в мой sacCerIdeoTrack объект?

1 Ответ

0 голосов
/ 30 июня 2019

Я нашел обходной путь.Я посмотрел файл цитобанда для hg19 (http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/database/cytoBand.txt.gz) и создал data.frame той же структуры, содержащей информацию для S. cerevisiae хромосомы I. 

cyto.bands <- data.frame(chrom = rep("chrI", 4),
                         chromStart = c(0, 148071, 151524, 154977),
                         chromEnd = c(148071, 151524, 154977, 230218),
                         name = c(NA, "CEN1", "CEN1", NA),
                         gieStain = c("gneg", "acen", "acen", "gneg"))

Для правильной печати центромеры необходимо указать две строки с gieStain = "acen" и достаточным расстоянием между начальной и конечной координатами.

Затем можно создать и построить объект Gviz IdeogramTrack. 

library(Gviz)

ideogram.track <- IdeogramTrack(chromosome = "chrI", genome = "sacCer3", bands = cyto.bands)

plotTracks(ideogram.track, from = 180e3, to = 220e3)

дает этот результат.

...