Пользовательские цвета для Gviz IdeogramTrack? - PullRequest
Новая
       22

Пользовательские цвета для Gviz IdeogramTrack?

0 голосов
/ 30 июня 2019

Я бы хотел настроить внешний вид моих объектов Gviz IdeogramTrack. Я создаю эти треки, предоставляя data.frame, содержащую положения центромер и областей генома, которые я хотел бы выделить (в формате, согласующемся с "информацией о цитополосе ... полученной из UCSC", подробности см. ?Gviz::IdeogramTrack). ). 

cyto.bands <- data.frame(chrom = rep("chrI", 6),
                         chromStart = c(0, 200e3, 225e3, 250e3, 300e3, 350e3),
                         chromEnd = c(200e3, 225e3, 250e3, 300e3, 350e3, 400e3),
                         name = c(NA, "CEN", "CEN", NA, "Highlight", NA),
                         gieStain = c("gneg", "acen", "acen", "gneg", "gpos100", "gneg"))

Затем я могу создать и построить объект IdeogramTrack. 

library(Gviz)

ideogram.track <- IdeogramTrack(chromosome = "chrI", genome = "My organism", bands = cyto.bands)

plotTracks(ideogram.track, from = 280e3, to = 370e3)

получая это.

Можно ли изменить цвета, используемые для заливки центромеры (gieStain = "acen") и других окрашенных полос (gieStain = "gpos...")?

...