Это не было «проблемой». Это было только «сообщение» и даже не особо опасное сообщение. Он говорил вам, что пакет vegan имеет функцию с тем же именем, что и другая функция в пакете pls. Если вы знаете, что позже вы будете использовать функцию scores с синтаксисом функции pls::scores, то вам нужно будет использовать ее с этой формой. Если вы просто используете scores, вы получите функцию, существующую в pkg:vegan.
Я не говорю о второй части (хотя она может быть неверно основана на вашей тревоге по поводу сообщения, и в этом случае вопрос спорный). Многокомпонентные вопросы не приветствуются на SO.