Может ли приложение для iOS программно переводить Apple Watch в режим полета и из него?
Нет, не может.
Даже если бы он мог перевести его в режим полета, он не смог бы вывести его из режима полета, поскольку он больше не мог бы общаться с часами, поскольку часы были бы в режиме полета.