Как интерпретировать вывод перманентного адониса с фиксированными вложенными факторами? - PullRequest
Новая
       5

Как интерпретировать вывод перманентного адониса с фиксированными вложенными факторами?

0 голосов
/ 18 января 2019

Я не совсем уверен, как интерпретировать ":" в выводе adonis2 (пакет vegan) при использовании как вложенных факторов, так и взаимодействий.

Например, без вложенных факторов: 

        adonis_data <- adonis2(Y ~ 
                       A*B*C , data=factors, 
                       permutations = 9999, method = "euclidean")

        adonis_data

Взаимодействия между факторами представлены с помощью «:» в выводе результата, например: 

   Terms added sequentially (first to last)
        A       ***
        B       ***
        C       ***
        A:C     ***
        B:C     ***

Однако при интеграции вложенного эффекта (с помощью «:» или «/»): 

        adonis_data <- adonis2(Y ~ 
                       A:B*C , data=factors, 
                       permutations = 9999, method = "euclidean")

        adonis_data

Мне сложно интерпретировать этот вывод, так как я не знаю, как здесь показаны вложенные факторы (с или без ":") 

   Terms added sequentially (first to last)
        A      ***
        C      ***
        A:B    ***
        A:C    ***
        A:C:B  ***

Так вот, я не совсем уверен, показывает ли A: B эффект моего вложенного фактора, а не взаимодействие ...

Моя последняя мысль по этому вопросу состояла в том, что если вложенные факторы записываются как взаимодействия в выходных данных (например, A: B), мы могли бы дифференцировать оба по порядку результатов, учитывая, что термины добавляются последовательно.

Итак, если это правильно, это будет означать, что вложенный B должен быть между A и C и что A: B здесь скорее взаимодействие?

Правильно ли сделать здесь вывод, что эффект B в пределах A на Y отличается в зависимости от значения A?

Кто-нибудь может просветить меня? Большое спасибо, Лора

1 Ответ

0 голосов
/ 20 января 2019

Это общая проблема с R формулой и ни в коем случае не является особенной для adonis или vegan . В любом случае, по умолчанию adonis2 (который в настоящее время равен adonis), тесты являются последовательными, и это действительно означает, что предыдущие условия будут влиять на результаты, но более поздние (последующие) условия не будут действовать. Что это за термины, зависит от того, как вы определяете свою модель, как вы продемонстрировали в своем вопросе.

...