Слои в pyMOL или заставление определенных аминокислот "выскочить"

Question

Я немного боролся с тем, чтобы убедить (скажем, лиганд или кофакторы) выскочить из молекул, как вы бы выбрали слои в фотошопе. Как я могу выбрать определенные объекты или аминокислоты, чтобы быть перед всеми другими слоями. например У меня есть поверхностное представление молекул с кофактором внутри, но тогда я просто хочу, чтобы кофактор выскочил и наложился поверх поверхности.

Я - основной (начинающий) пользователь pymol, то есть я только начинаю использовать команды, но пока ничего не пишу для pyMOL.

Какие команды я могу использовать для этого?

Answer 1

Если вы хотите иметь оверлей поверх поверхности, единственный способ, которым я вижу, что вы делаете это, - это визуализировать (направить) изображение дважды, один раз с показанным на поверхности представлением вашего белка, и однажды кофактор один. Затем наложите оба файла png (конечно, с прозрачным фоном) в любом редакторе изображений.

Если вам нужны оба представления в трехмерном виде PyMOL, увеличьте прозрачность вашей поверхности, а затем убедитесь, что только кофактор виден, например, как представление солодки.