Я пишу смешанные модели с фиксированным и случайным эффектом, и я не уверен в наилучшем способе реализации случайного эффекта в lme.
Я имею дело с мерами, взятыми из клеток четырех разных доноров, инфицированных пятью бактериальными штаммами. Таким образом, у меня есть мера для каждой клетки, поступающей от данного донора и зараженной данным штаммом. У меня много клеток от каждого донора и бактериального штамма.
Я использую Донор в качестве случайного эффекта и Штамм в качестве фиксированного эффекта. Однако эти две строки дают два разных результата, и я не до конца понимаю разницу между ними.
Любая помощь по этому вопросу будет высоко ценится. Спасибо.
lme (log.counts ~ Strain, random = ~ 1 | Donnor/Strain, data = data, method = "ML")
lme (log.counts ~ Strain, random = ~ 1 | Donnor, data = data, method = "ML")