Сравнение скрипта для произвольного перехвата и независимого наклона между nlme и lme4

Question

Так что для случайных смешанных эффектов я делаю список сценариев сравнения между двумя пакетами.

Для независимого случайного перехвата и наклона, если я использую следующий код в пакете lme4, каков соответствующий скрипт в nlme?

model1 <- lmer(y~A + (1+site) + (0+A|site), data, REML = FALSE)

Также для вложенных смешанных эффектов, которые вычисляютслучайный эффект, отличный от описанного выше, правильны ли мои сценарии?

model2 <- lme(y~A, random = ~1+site/A, data, method="REML")

и

model3 <- lmer(y~A + (1|site) + (1|site:A), data, method=FALSE)

Большое вам спасибо!

Answer 1

Надеюсь, этот ответ не слишком поздний!

Для вашей первой модели версия в nlme будет такой:

model1 <-  lme(y ~ A , 
       random = list(A = pdDiag(~time)),
       data=data)

Ваша вторая и третья модели эквивалентны.Модель 3 в пакете lme4 также может быть записана как:

 model3 <- lmer(y~A + (1|site/A), data, method=FALSE)

Я нашел эту ссылку, которая может вам очень помочь при сравнении пакетов nlme и lme4

https://rpsychologist.com/r-guide-longitudinal-lme-lmer#conditional-growth-model-dropping-intercept-slope-covariance