RDKit Как перейти с отпечатка пальца на моль или улыбки

Question

Я собираю несколько молекул из файлов Smiles.Я читаю их, конвертирую в mols, а затем конвертирую в отпечатки пальцев Моргана, которые я использую для вычисления сходства, а затем кластеризации.

Однако я хотел бы вывести результат кластеризации в файл.В идеале это делается в формате Smiles, чтобы его можно было снова прочитать для оценки.

Как это можно сделать, пожалуйста?

Answer 1

Единственным способом, который я нашел, было получение списка Smiles, преобразование их в Mols, а затем в отпечатки пальцев. Список отпечатков пальцев и молекул одного размера и порядка, поэтому

Отпечатки пальцев [0] == Mols [0]

в терминах молекулы, которую они представляют. Кластеризация отпечатков пальцев возвращает индекс отпечатка пальца в списке, поэтому индексы могут использоваться для извлечения молекулы из списка Mol.

Я не думаю, что это самое чистое решение, но работает.