Новичок в R и Bioconductor, и я работаю над кодом, который я получил от кого-то другого. Я делаю:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("affy", version = "3.8")
BiocManager::install("oligo", version = "3.8")
BiocManager::install("pd.genomewidesnp.6", version = "3.8")
library(Biobase)
library(affy)
library(oligo)
library(pd.genomewidesnp.6)
data <- ReadAffy('myfile.CEL')
'myfile.CEL' - это файл размером 69 МБ .CEL из определенного проекта в Synapse . Вот как выглядит data после загрузки в мою среду:
Тогда, если я сделаю eset <- rma(data), я получу ошибку:
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘rma’ for signature ‘"AffyBatch"’
А если я сделаю eset <- affy::rma(data), я получу:
Error in getCdfInfo(object) :
Could not obtain CDF environment, problems encountered:
Specified environment does not contain GenomeWideSNP_6
Library - package genomewidesnp6cdf not installed
Bioconductor - genomewidesnp6cdf not available
Поиски в Google не сообщают мне, что такое genomewidesnp6cdf, совпадает ли оно с pd.genomewidesnp.6, и почему у меня его нет. Кто-нибудь знает?