Я пытаюсь использовать файл таксономии для запуска кривой видов, используя пакет vegan и функцию specaccum, но постоянно получаю сообщение об ошибке:
Error in colSums(x) : 'x' must be numeric
Этот файл огроментаблица с таксономией видов в первом столбце и сайтами в следующих.Например:
sum.taxonomy | K0024.A2.S1.L001.x | K0024.B2.S9.L001.x
Acantharea;Arthracanthida;Acanthometridae;Acanthometra; | 0 | 57
Acantharea;Chaunacanthida;NA;; | 3 | 0
Каждое значение - это число, соответствующее количеству операций чтения.Я пытался загрузить этот файл несколькими способами, я искал пропущенные значения, я пытался форсировать таблицу as.numeric и все еще не увенчался успехом.
Эта команда, по моему мнению, будет работать:
table <- read.table("All_reads_all_markers_all_samples_after_decontamination.txt",
header = TRUE, sep = "\t", quote = "", comment.char = "",
row.names = 1, stringsAsFactors = F)
specaccum(table, method = "rarefaction")
Я не знаю, что мне здесь не хватает.Любая помощь будет принята с благодарностью!
Я использую RStudio v1.1.383, R v3.5.0 и vegan v2.5.1 в Windows 10.