Кажется, я не могу установить биокондуктор «монокль» для анализа секвенирования РНК в одной клетке.
Моя версия R 3.4.3, Биокондуктор 3.6.
Я продолжаю получать это сообщение об ошибке, и установка DDRTree отдельно также не удается. Вы знаете, как я могу решить это?
Большое спасибо.
biocLite ( "Монокль")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Использование Bioconductor 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30).
Установка пакета (ов) «монокль»
также установка зависимости 'DDRTree'
пробуя URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/DDRTree_0.1.5.tar.gz'
Тип содержимого «application / x-gzip», длина 13728 байт (13 КБ)
скачано 13 КБ
пробуя URL 'https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/monocle_2.6.4.tar.gz'
Тип содержимого «application / x-gzip», длина 9497904 байта (9,1 МБ)
скачано 9,1 МБ
- установка исходного кода пакета 'DDRTree' ...
** пакет 'DDRTree' успешно распакован и проверены суммы MD5
** libs
/opt/centos/devtoolset-1.1/root/usr/bin/g++ -std = c ++ 11 -I / apps / well / R / 3.4.3 / lib64 / R / include -DNDEBUG -I "/ gpfs0 / apps /well/R/3.4.3/lib64/R/library/Rcpp/include "-I" /gpfs0/apps/well/R/3.4.3/lib64/R/library/RcppEigen/include "-I" / gpfs0 /apps/well/R/3.4.3/lib64/R/library/BH/include "-I / usr / local / include -fpic -g -O2 -c DDRTree.cpp -o DDRTree.o
/ bin / sh: /opt/centos/devtoolset-1.1/root/usr/bin/g++: нет такого файла или каталога
make: *** [DDRTree.o] Ошибка 127
ОШИБКА: ошибка компиляции для пакета 'DDRTree'
- удаление '/gpfs0/users/morris/u0302066/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/DDRTree'
ОШИБКА: зависимость 'DDRTree' недоступна для пакета 'monocle'
- удаление '/gpfs0/users/morris/u0302066/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/monocle'
Загруженные исходные пакеты находятся в
'/ TMP / Rtmpcx6BJi / downloaded_packages'
путь установки недоступен для записи, невозможно обновить пакеты: BH, ChIPpeakAnno,
ChIPseeker, DBI, DEXSeq, DT, FNN, Formula, GEOquery, GGally, GOSemSim,
GWASTools, GenomicAlignments, GenomicFeatures, GenomicRanges, Gviz,
HardyWeinberg, Hmisc, ICS, ICSNP, MASS, MCMCpack, Matrix,
MultiAssayExperiment, NCmisc, NMF, R6, RCurl, RMySQL, RSQLite, RSpectra,
RUnit, Rcpp, RcppArmadillo, RcppEigen, RcppParallel, Rtsne, SPAtest,
ShortRead, StanHeaders, VGAM, VariantAnnotation, VennDiagram, XML, ade4,
amap, annotete, ape, argparse, bigmemory, bindr, bindrcpp, biomaRt, бит,
blob, bookdown, caTools, chron, classInt, cli, кластер, coda, commonmark,
cowplot, curl, data.table, desc, devtools, digest, doParallel, dotCall64,
dplyr, e1071, edgeR, эллипс, ensembldb, erma, оценивать, ff, ffbase, fgsea,
поля, иностранные, futile.options, getopt, ggbio, ggfortify, ggplot2, git2r,
glmnet, клей, gmp, gtools, hexbin, highr, hms, htmlTable, htmlwidgets,
httpuv, igraph, inline, irlba, итераторы, knitr, lambda.r, решетка, ldblock,
limma, lmtest, logistf, loo, lubridate, карты, matrixStats, mclust, mgcv,
мыши, microbenchmark, mime, miniUI, mixOmics, munsell, mvtnorm, nlme,
openssl, optparse, packrat, phangorn, pheatmap, pillar, pkgconfig, pkgmaker,
plogr, сюжет, plotrix, прогресс, психология, мурлыканье, квантрег, рджава, рейнджер,
изменить форму, rgl, rhandsontable, rjags, rjson, rlang, rmarkdown, rngtools,
roxygen2, rpart, rprojroot, rstan, rstudioapi, rtracklayer, rvcheck,
сэндвич, весы, скатер, scatterplot3d, sf, форма, формы, блестящие,
Блестящие виджеты, Shinydashboard ,оселье, см, снег, sourcetools, спам, спп,
stringi, stringr, опрос, выживание, testthat, tibble, tidyr, tidyselect,
truncnorm, единицы измерения, utf8, viridis, viridisLite, withr, xgboost, xlsx, xml2,
xtable, yaml, зоопарк
Предупреждающие сообщения:
1: в install.packages (pkgs = do, lib = lib, ...):
установка пакета 'DDRTree' имела ненулевой статус выхода
2: в install.packages (pkgs = do, lib = lib, ...):
установка пакета «монокль» имела ненулевой статус выхода