Когда вы строите проект, по умолчанию, only первая сцена в вашем порядке сборки будет загружена как первая отображаемая сцена. Если вы хотите загрузить несколько сцен одновременно, вам необходимо загрузить дополнительные сцены в сценарии, например, в C #:
SceneManager.LoadScene("OtherSceneName", LoadSceneMode.Additive);
Однако в редакторе, как вы заметили, вы можете добавить две сцены, и обе загружаются и работают нормально, когда вы нажимаете «Play». Это всего лишь одна из полезных функций редактора для редактирования нескольких сцен. Обратите внимание, что в иерархии проекта только одна сцена распознается как «Активная сцена». Редактор ведет себя так, как если бы вы сначала загружали активную сцену в режиме «Single», а затем загружали остальные в режиме «Additive».
Ссылка: https://docs.unity3d.com/ScriptReference/SceneManagement.SceneManager.LoadScene.html