Tophat последовательность выравнивания не работает должным образом - PullRequest
Новая
       21

Tophat последовательность выравнивания не работает должным образом

0 голосов
/ 23 ноября 2018

Я пытаюсь использовать tophat для выравнивания моих чтений fastq с эталонным геномом.

Сначала я использовал bowtie для создания индексных файлов.Я урезал свои файлы read1 и read2 fastq.Все выходные файлы индекса Боути и файлов чтения находятся в одном каталоге.Здесь вы можете увидеть скриншот моего каталога.

enter image description here

Затем я запускаю следующую команду для запуска tophat.

enter image description here У меня нетзнаю, что я делаю неправильно, так как моя команда выполняется, но через 45 минут она останавливается (на следующем шаге).enter image description here 

Выходной каталог tophat (sample_thout) создан, но содержит только следующие файлы.enter image description here

 Внутри журнала я вижу следующее:

enter image description here



Внутри tmp я вижу эти файлы: 10 enter image description here

Я довольно плохо знаком с RNa seq и выравниванием tophat.Есть ли орган, который может помочь мне с этой проблемой?

...