adonis: ошибка в правой части формулы не имеет используемых терминов - PullRequest
Новая
       11

adonis: ошибка в правой части формулы не имеет используемых терминов

0 голосов
/ 27 ноября 2018

У меня есть эта матрица расстояний Чао, основанная на всех распространениях грибов: 

      CR10      CR11      CR13      CR14      CR17      CR18      CR19
CR11 0.4531840                                                            
CR13 0.4288178 0.4624915                                                  
CR14 0.5903908 0.5466617 0.4942469                                        
CR17 0.4784990 0.3387325 0.6136265 0.5779121                              
CR18 0.7649840 0.7537409 0.7526077 0.5632825 0.4153391                    
CR19 0.3772907 0.4579895 0.3208187 0.3706775 0.5644193 0.7380274          
CR20 0.4598706 0.5529427 0.6424340 0.6690386 0.3855154 0.5509150 0.6406800

и таблица с 33 переменными среды для тех же графиков.

при запуске: 

fungAbundAdonis <- lapply(colnames(env2), function(x) {
  form <- as.formula(paste("OTU.table2", x, sep="~")) 
  z <- adonis(form, data = env2, permutations=999)
  return(data.frame(env = rownames(z$aov.tab), Rsq = z$aov.tab$R2,P = z$aov.tab$P))}
)

Я получаю эту ошибку:

Ошибка в adonis (форма, данные = env2, перестановки = 999): в правой части формулы нет используемых терминов.

Я не понимаю почему, потому что когда я использую один и тот же сценарий с матрицей расстояний от 1 до 9 и 12 15 и 16 и таблицей окружения для этих графиков, все работает нормально.Кто-нибудь знает, что может быть источником ошибки?спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 27 ноября 2018

Ваш вопрос не имеет воспроизводимого примера, и я должен догадаться.Тем не менее, я могу воспроизвести ваше сообщение об ошибке, если переменная constant в правой части.Это может произойти, когда вы вводите подмножество env2 и в этом выбранном подмножестве переменная имеет только одно значение.(Это касается только vegan 2.5-x или его версии: vegan 2.6-0 не выдаст сообщение об ошибке.)

...