Почему read.FCS из пакета flowCore объединяет последние 2 кластера столбца clusterID? - PullRequest
Новая
       6

Почему read.FCS из пакета flowCore объединяет последние 2 кластера столбца clusterID?

0 голосов
/ 26 сентября 2018

Я хотел бы знать, была ли у кого-то из вас такая же проблема, как у меня с функцией read.FCS пакета FlowCore Bioconductor.У меня есть несколько файлов FCS, которые я сгруппировал, поэтому последний столбец соответствует идентификатору кластера.Всякий раз, когда я пытаюсь прочитать эти файлы в R с помощью read.FCS, последние два кластера объединяются в один, что означает, что события кластера X и X + 1 теперь все классифицируются в кластере X. Это ТОЛЬКО происходит с последними двумя кластерами, независимо от того, сколько кластеров в файле.Однако, если я преобразовываю файл FCS в файл TXT и считываю его в R., это не делается. 

> # Reading txt file
> txt_df <- as.data.frame(read.csv(dir(pattern=".txt"), sep = '\t', skip = 1L))
> 
> # Reading fcs file
> fcs <- read.FCS(dir(pattern=".fcs"), transformation = FALSE)
> fcs_df <- as.data.frame(fcs@exprs)
> 
> # Unique values for cluster ID
> sort(unique(txt_df$FlowSOM_clusterIDs)) # for .txt file
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
> sort(unique(fcs_df$FlowSOM_clusterIDs)) # for .fcs file
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17
> 
> # Count number of elements per cluster
> table(txt_df$FlowSOM_clusterIDs)

   1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15   16   17   18 
 109 1022 1457   96  253   54 2187  244 2371  402  147   12  375  476  576 1851   58   59 
> table(fcs_df$FlowSOM_clusterIDs)

   1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15   16   17 
 109 1022 1457   96  253   54 2187  244 2371  402  147   12  375  476  576 1851  117

Если я не читаю FCS как data.frame, он все равно делает то же самое.: 

                               name                           desc   range    minRange maxRange
$P90             FlowSOM_clusterIDs                           <NA>      17  0.00000000       16

Любая подсказка?

...