Извините, я получил решение от многих других примеров кода.
for i in range(0, len(filenames)):
if filenames[i] == "":
continue
npydata = np.load("./data/npy/" + filenames[i] + ".npy")
print(npydata.shape)
for j in range(0, 2048):
a_data[i, j] = [npydata[j][0], npydata[j][1], npydata[j][2]]
data = f.create_dataset("data", data = a_data)
f.close()
Приведенный выше код решил мою проблему.