Я пытаюсь построить кривую разрежения для каждого из моих 20 образцов - и раскрасить линии по соответствующему типу обработки (5), используя rarecurve
в vegan
R.
Я сгруппировал столбцывместе, которые являются копиями тех же типов обработки, что и фактор: X80CC,X09CC,X39F,X83F,X1850
, и попытались назначить цвета на основе этого и ввести в график. Однако я не смог этого добиться - и все цвета оказались случайными.
Как лучше всего раскрасить эти линии на основе назначенных групп / факторов?
Есть ли очевидная ошибка, которую я не вижу здесь?
Спасибо.
library(vegan)
принудительное использование нескольких столбцов = факторы:
X80CC<-as.factor(c("DNA10_prerarefy4$X1939F.1980CC",
"DNA10_prerarefy4$X1939F.1980CC.1",
"DNA10_prerarefy4$X1939F.1980CC.2",
"DNA10_prerarefy4$X1939F.1980CC.3"))
X09CC<-as.factor(c("DNA10_prerarefy4$X1939F.2009CC",
"DNA10_prerarefy4$X1939F.2009CC.1",
"DNA10_prerarefy4$X1939F.2009CC.2",
"DNA10_prerarefy4$X1939F.2009CC.3"))
X39F<-as.factor(c("DNA10_prerarefy4$X1939F", "DNA10_prerarefy4$X1939F.1",
"DNA10_prerarefy4$X1939F.2", "DNA10_prerarefy4$X1939F.3"))
X83F<-as.factor(c("DNA10_prerarefy4$X1939.1983F", "DNA10_prerarefy4$X1939.1983F.1",
"DNA10_prerarefy4$X1939.1983F.2", "DNA10_prerarefy4$X1939.1983F.3"))
X1850<-as.factor(c("DNA10_prerarefy4$X1850F", "DNA10_prerarefy4$X1850F.1",
"DNA10_prerarefy4$X1850F.2", "DNA10_prerarefy4$X1850F.3"))
обработки = цвета:
cols <- c("darkred"=X80CC, "forestgreen" = X09CC, "darkblue" = X39F,
"pink" = X1850, "orange" = X83F)
OTU_rarefy4<-t(DNA10_prerarefy4)
кривая:
rarecurveDNA10 <- rarecurve(OTU_rarefy4, step=1, label=TRUE, col = cols,
xlab = "Sequencing depth (number of reads)", ylab = "No. Fungal OTUs")`
Данные, например:
dput(DNA10_prerarefy4)
structure(list(X1939F.1980CC = c(4543L, 2303L, 1877L, 1612L, 1496L, 1198L,
1116L, 893L, 761L), X1939F.1980CC.1 = c(4400L, 3228L, 9L, 23L,
546L, 0L, 946L, 1299L, 263L), X1939F.1980CC.2 = c(1564L, 131L, 0L,
0L, 584L, 0L, 914L, 0L, 366L), X1939F.1980CC.3 = c(3903L, 847L,
0L, 399L, 1025L, 0L, 898L, 0L, 2126L), X1939F.2009CC = c(4868L,
413L, 0L, 0L, 280L, 0L, 655L, 0L, 0L), X1939F.2009CC.1 = c(1703L,
143L, 0L, 0L, 142L, 0L, 148L, 0L, 2L), X1939F.2009CC.2 = c(1432L,
178L, 0L, 0L, 342L, 0L, 554L, 0L, 68L), X1939F.2009CC.3 = c(1641L,
172L, 0L, 1L, 294L, 0L, 194L, 108L, 204L), X1939F = c(3345L, 269L,
0L, 0L, 431L, 0L, 605L, 160L, 23L), X1939F.1 = c(1545L, 372L, 5L,
0L, 673L, 0L, 432L, 0L, 242L), X1939F.2 = c(4921L, 917L, 0L, 0L,
1464L, 0L, 790L, 0L, 782L), X1939F.3 = c(3192L, 302L, 11L, 2820L,
528L, 0L, 1113L, 182L, 0L), X1939.1983F = c(5673L, 1589L, 0L, 78L,
1123L, 0L, 808L, 3L, 53L), X1939.1983F.1 = c(4653L, 1457L, 0L, 3L,
768L, 0L, 1344L, 0L, 579L), X1939.1983F.2 = c(3485L, 498L, 0L,
53L, 892L, 0L, 542L, 0L, 390L), X1939.1983F.3 = c(5731L, 369L, 0L,
4L, 70L, 0L, 1126L, 0L, 114L), X1850F = c(9393L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L), X1850F.1 = c(3007L, 1162L, 0L, 1L, 1049L, 0L,
645L, 0L, 138L), X1850F.2 = c(3836L, 1094L, 0L, 1051L, 767L, 0L,
683L, 0L, 192L), X1850F.3 = c(6558L, 2367L, 0L, 104L, 1379L, 0L,
537L, 0L, 2014L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -9L))