Я использую функцию ordisurf для отображения концентрации определенного вещества на графике NMDS.К сожалению, концентрация колеблется от 0,4 до 6 в нижней части, включая большинство образцов.Только три образца находятся в диапазоне от 500 до 1200. Как видно на графике
, 3 образца "Мо7" находятся в одном и том жесекции ordisurf, в то время как их значения Substance составляют 1195,51, 615,95 и 553,27.То же самое относится к выборкам W22, значения которых близки к 1.
Ordisurf здесь добавляет строки от 0 до 800, увеличивая на 100. Возможно ли вместо этого использовать логарифмическую шкалу или каким-либо образом изменить параметры графика ордисурфа?Это мой код
plot(nmds_cdna, type = "p", display = "sites", main ="title")
with(meta_data_cdna, ordisurf(nmds_cdna, sumSubstance, add = TRUE))
РЕДАКТИРОВАТЬ: следуя предложению Яри, я добавил аргумент уровней в вызов Ordisurf.Это решило проблемы с неточными приращениями.Тем не менее, строки ordisurf группируют выборки не в пределах правильных значений.Это может быть тот случай, когда это просто невозможно, например, расположение внутри NMDS и моего Вещества как единственной объясняющей переменной противоречит друг другу?
plot(nmds_cdna, type = "p", display = "sites", main ="title")
with(meta_data_cdna, ordisurf(nmds_cdna, sumSubstance, add = TRUE, levels = c(0, 1 , 10, 500, 1200))