Я работаю в созданной мной виртуальной среде conda rmain.Когда я запускаю umap в rstudio, используя Seurat, он работает просто отлично.Однако мне нужно, чтобы он работал с rpy2 в python:
from rpy2.robjects.packages import importr
seuratLib = importr('Seurat')
seurat_object = seuratLib.RunUMAP(seurat_object, **{'reduction.use': 'pca', 'dims.use': np.arange(1, 11)})
Когда вызывается функция RunUMAP, она выдает следующую ошибку:
SystemError:инициализация _heapq не вернула модуль расширения
I googled и обнаружила, что _heapq может быть связана с языком julia, поэтому я установил его с conda-forge, но это не такисправить проблему.