Эти файлы не должны находиться в хранилище. Поместите только то, что вам нужно для сборки исполняемого файла (исходный код + makefile).
Я бы посоветовал вам поместить исходный код и исполняемый файл в разные каталоги и отмечать только те, которые находятся в исходном каталоге.
Для удаления части не беспокойтесь. Просто создайте новую ревизию без этих файлов.