Частичный канонический анализ соответствия в R

Question

У меня проблемы с проведением частичного канонического анализа соответствия (pCCA) в R. Данные, связанные с кодом, довольно обширные, поэтому я не могу включить их здесь.

Следующий код выдает ошибку нижеЭто.В модели pCCA я пытаюсь учесть как экологические, так и пространственные переменные при объяснении матрицы видов.Пространственными переменными являются значения широты и долготы.Переменные env2 являются множеством непрерывных и нескольких двоичных (0,1) переменных среды.

mod2 <-cca(species ~ env2 + spatial)
Error in model.frame.default(~env2 + spatial, na.action = na.pass, xlev = NULL) : invalid type (list) for variable 'env2'

Я использовал unlist () как для env2, так и для пространственной, но он не работает.Мысли

Answer 1

В правой части формулы должно быть переменных , но, похоже, у вас есть фреймы данных с несколькими переменными.Это не будет работать, но выдает сообщение об ошибке, подобное тому, что было в вашем посте (и это задокументировано).Кроме того, ваша формула не будет определять частичный CCA, потому что формула не содержит функцию Condition(), которая определяет частично распределенные термины.

Интерфейс формулы может работать, если вы используете числовые матрицы кактермины, но он не будет работать с unlist() переменными.

Если вы используете vegan 2.5-1 или новее, вы можете определить частичный CCA без интерфейс формулы в виде cca(species, env2, spatial) , а фреймы данных env2 и spatial автоматически расширяются до матриц моделей, а spatial термины частично разбираются перед анализом эффектов env2 терминов.