Как изменить углы в Пимоле? - PullRequest
Новая
       57

Как изменить углы в Пимоле?

0 голосов
/ 04 октября 2018

Я использую это 

set_dihedral atom1_name, atom2_name, atom3_name, atom4_name, angle

например 

set_dihedral 22/C, 23/C, 26/C, 27/C, 130

Поэтому я хочу изменить диэдральные связи этого атома

enter image description here

Но когда я написал: 

set_dihedral 23/CA, 23/C, 24/N, 24/CH3, 130

У меня было 

SetDihedral-Error: Selection 1 doesn't contain a single atom/vertex.
SetDihedral-Error: Selection 2 doesn't contain a single atom/vertex.
SetDihedral-Error: Selection 3 doesn't contain a single atom/vertex.
SetDihedral-Error: Selection 4 doesn't contain a single atom/vertex.

enter image description here

1 Ответ

0 голосов
/ 07 октября 2018

Вы уверены, что ваш 3D-файл не содержит более одной структуры с такими же именами атомов, которые вы выбрали?Вы можете опубликовать свой файл .cif здесь.Или, возможно, вам придется использовать другой синтаксис выбора (например, «имя» C23 и т. Д. см. Ниже ).

Если я использую структуру стеариновая кислота дляНапример, это работает безупречно: 

set_dihedral name c1,name c2,name c3,name c4, 130

введите двугранный угол в PyMOL с выделением четырех атомов

...