Могу ли я извлечь определенные значения различий из матрицы Брея Кертиса в R? - PullRequest
0 голосов
/ 08 декабря 2018

Я пытаюсь оценить, как долго сохраняются изменения в сообществах ручьев после удаления инвазивных видов.Сообщество оценивалось в серии потоков до и в несколько временных точек после удаления.Я хотел бы рассчитать различия между сообществами непосредственно до и в каждый момент времени после удаления (то есть между до и после 1, до и после 2, до и после 3 и т. Д.), А затем проанализировать эти значения во времени, чтобы определить, как долготребуется, чтобы сообщества потоков вернулись к условиям предварительного удаления.Ожидается, что различия в параметрах потока будут влиять на процесс, поэтому мне нужно сделать это с помощью потока.Я представляю график со временем на оси x, различием на оси y и различными функциями для каждого потока.Есть ли способ извлечь только эти значения различий из матрицы Брэя Кертиса?

Это мой первый вопрос, я прошу прощения за недостающую информацию или отсутствие ясности.

1 Ответ

0 голосов
/ 09 декабря 2018

Если вы преобразуете вывод из vegdist() в матрицу, вы можете легко вывести различия между парами выборок, используя имена строк или индексы матрицы, чтобы извлечь то, что вы хотите.

Чтобы преобразовать виспользование матрицы

distmat <- as.matrix(bc_obj)

, где bc_obj - это объект, возвращенный из vegdist(), содержащий расстояния Брея Кертиса.

...