ключ 112 (char 'p') отсутствует в таблице поиска в Biostrings после вызова getPromoterSeq (пакет GenomicFeatures) - PullRequest
Новая
       43

ключ 112 (char 'p') отсутствует в таблице поиска в Biostrings после вызова getPromoterSeq (пакет GenomicFeatures)

0 голосов
/ 14 февраля 2019

Ошибка при попытке получить последовательность промотора из TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene с помощью getPromoterSeq (пакет GenomicFeatures) 

library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
library(Homo.sapiens)

promoter.gr = transcriptsBy(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene, by='gene')[11338]
promoter.seq = getPromoteSeq(promoter.gr, Hsapiens, upstream=3000, downstream=0)
promoter.seq

Получается, как показано ниже: 

DNAStringSetList of length 1
Error in .Call2("new_CHARACTER_from_XStringSet", x, xs_dec_lkup(x), PACKAGE='Biostrings'):
key 112 (char 'p') not in lookup table.

Я ищу другие обсуждения по этой ошибке.Кажется, что нет последовательности T, C, G, A, в основном это «p» в файле последовательности, когда люди пытаются загрузить файл последовательности.Хотя здесь я даже не предоставлял последовательность локально, это все из пакетов.

...