недопустимый объект класса «GRanges»: 1: «x @ seqnames» не параллелен «x» - PullRequest
Новая
       54

недопустимый объект класса «GRanges»: 1: «x @ seqnames» не параллелен «x»

0 голосов
/ 31 марта 2019

Этот простой код: 

library(GenomicRanges)

GRanges(c("chr1", "chr1", "chr1"), c(109810200, 109810201, 109810544))

терпит неудачу с довольно загадочным исключением:

Ошибка в validObject (.Object): недопустимый объект класса «GRanges»: 1: «x @ seqnames» не параллелен «x» недопустимый объект класса «GRanges»: 2: «x @ strand» не параллелен «x»

Кроме того, когда я пытаюсь предоставить seqlengths: 

GRanges(
  c("chr1", "chr1", "chr1"), 
  c(109810200, 109810201, 109810544),
  seqlengths=c(1, 1, 1))

Я получаю:

Ошибка в .normargSeqlengths (seqlengths, seqnames): длина предоставленных «последовательностей» должна равняться количеству последовательностей

, что говорит о том, что в процессе отбрасываются некоторые данные. Но я не могу понять, почему это происходит.

Буду признателен за понимание того, что здесь происходит.

Окружающая среда: 

> sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Debian GNU/Linux buster/sid

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.8.0
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.8.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets 
[8] methods   base     

other attached packages:
[1] GenomicRanges_1.34.0 GenomeInfoDb_1.18.2  IRanges_2.16.0      
[4] S4Vectors_0.20.1     BiocGenerics_0.28.0 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] zlibbioc_1.28.0        compiler_3.5.2         XVector_0.22.0        
[4] GenomeInfoDbData_1.2.0 RCurl_1.95-4.12        bitops_1.0-6

1 Ответ

1 голос
/ 03 апреля 2019

Я получаю ту же ошибку. Затем я преобразовал оба seqnames и range в символы, и это интересно!

...