Очищающий участок ордена NMDS - PullRequest
Новая
       22

Очищающий участок ордена NMDS

0 голосов
/ 17 февраля 2019

У меня есть данные о скоплениях птиц, добываемых на участках карьеров и карбонатных пастбищ, и я хочу отобразить их на ординационном участке НМД вместе с параметрами окружающей среды в качестве векторов.Как я могу загромождать бирки вида?Я использую веганский пакет для ординации.

Я уже уменьшил количество видов, отображаемых с помощью функции ordiselect из пакета goeveg.Теги все еще накладываются, но я не хочу еще больше сокращать количество видов.

С помощью функции orditkplot я не могу получить результат, который выглядит так же хорошо, как я хочу, с точки зрения эстетики.Я также не смог отобразить только подмножество видов при использовании этой функции. 

ord.nmds <- metaMDS(species, trace=FALSE)
sel <- ordiselect(species, ord.nmds, ablim = 0.5, method = "axes", freq = TRUE)

ef <- envfit(ord.nmds ~ cgr + L_wdl + str + Hab_Div, env_var, permu=999)

grp <- factor(rep(c("GRASS", "QUARRY"), each = 14))
cols <- c("gray70","gray30")

plot(ord.nmds, type="n", xlim = c(-1.1, 1.1), ylim = c(-0.9,0.9))
points(ord.nmds, display = "sites", pch = 15, col = rep(cols, each = 14), cex=1)
text(ord.nmds, display = "species", col="black", cex=0.55, select = sel)
plot(ef, p.max = 0.05, col ="black", cex = 0.8)
legend(x = 0.6, y = 1.05, legend = tools::toTitleCase(levels(grp)), fill = cols, bty = "n", cex = 0.8)

Пока мой график выглядит так: ordination graph

1 Ответ

0 голосов
/ 18 февраля 2019

Вы пробовали использовать ordipointlabel() от Vegan?Я обычно получаю довольно хорошие результаты с этим.Для графиков такого типа также очень полезно и рекомендуется предварительно определить конечный размер графического изображения путем его прямого экспорта (например, с помощью функции png() или svg()).Просто поместите функции печати в код, подобный этому, и запустите весь блок: 

svg("ordinationdiagram.svg", width = 8, height = 6)

plot(ord.nmds, type = "n", ...)
points(ord.nmds, ...)
ordipointlabel(ord.nmds, add = T, ...)
legend(...)

dev.off()

Пока вы не запустите dev.off(), все графические операции будут помещены в svg-graphic.

Если вы экспортируете в векторном формате (например, svg), вы можете впоследствии загрузить графику в любом редакторе векторной графики (например, Inkscape) для ручной перестановки перекрывающихся имен (если это все еще происходит).

...