Как изменить числа по оси Y, чтобы они были горизонтальными на графике NMDS, созданном в Vegan? - PullRequest
Новая
       35

Как изменить числа по оси Y, чтобы они были горизонтальными на графике NMDS, созданном в Vegan?

0 голосов
/ 28 декабря 2018

Могу ли я изменить числа по оси Y, чтобы они были горизонтальными на графике NMDS, созданном в vegan? 

library(vegan)
sp <- poop[,28:34]
bat <- poop[,4:7] 
mds1 <- metaMDS(sp, k=3,try=200)

plot(mds1$points[,1], mds1$points[,2], pch = as.numeric(bat$species),
 col= as.numeric(bat$species),
 xlab = "NMDS1", ylab= "NMDS2")

NMDS plot

1 Ответ

0 голосов
/ 29 декабря 2018

В R направление меток контролируется графическим параметром las (см. ?par).Вы также можете указать этот параметр в вызове plot для результата metaMDS.Как видно из ?par, las=1 поместит все метки в горизонтальное положение.

Если серьезно, вы должны , а не построить metaMDS результаты, как вы.Лучше использовать выделенный метод plot для результата, или, если вы хотите сделать все это самостоятельно, вы должны как минимум принудительно установить равное соотношение сторон для осей с asp = 1 в вашем вызове plot.Поэтому должно работать следующее: 

## with metaMDS plot:
plot(mds1, display="si", las=1, type = "n") # for an empty plot
points(mds1, pch = as.numeric(bat$species), col= as.numeric(bat$species))
## or with generic plot:
plot(mds1$points[,1], mds1$points[,2], pch = as.numeric(bat$species),
col= as.numeric(bat$species),
xlab = "NMDS1", ylab= "NMDS2",
asp = 1, las = 1) # this is new
...