пакеты биокондуктора зацикливаются на зависимостях - PullRequest
Новая
       39

пакеты биокондуктора зацикливаются на зависимостях

0 голосов
/ 08 июня 2018

У меня возникли проблемы с установкой пакетов биокондуктора в конкретной системе, над которой я работаю.Это система Ubuntu, использующая R через анаконды с conda install r-essential.Я пытаюсь установить кучу пакетов.В настоящее время у меня странная проблема с установкой phyloseq.Я попытался установить его с 

source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
biocLite('phyloseq', dependencies = TRUE)

. В этот момент он устанавливает кучу зависимостей, а затем завершается неудачно с ненулевым состоянием выхода.Если я снова запустлю это, я получу сообщение об ошибке. 

>     biocLite('phyloseq', dependencies = TRUE) BioC_mirror: https://bioconductor.org Using Bioconductor 3.6 (BiocInstaller
>     1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30). Installing package(s) ‘phyloseq’ trying URL
> 'https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/phyloseq_1.22.3.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 5366200 bytes (5.1 MB)
>     ================================================== downloaded 5.1 MB
>     
>     Using library: /home/ohnoplus/Project/Nyvac_096_Microbiome/rlib
>     * installing *source* package ‘phyloseq’ ...
>     ** R
>     ** data
>     ** inst
>     ** preparing package for lazy loading Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :    there
> is no package called ‘nlme’ ERROR: lazy loading failed for package
> ‘phyloseq’
>     * removing ‘/home/ohnoplus/Project/Nyvac_096_Microbiome/rlib/phyloseq’
>     
>     The downloaded source packages are in     ‘/tmp/RtmpN7emVA/downloaded_packages’ Warning message: In
> install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :   installation of
> package ‘phyloseq’ had non-zero exit status

Это подсказывает мне, что 'nlme' - это неудовлетворенная зависимость, но я думал, что biocLite должен просто устанавливать зависимости, особенно когда я их устанавливаюдо dependencies = TRUE.Я могу установить nlme с install.packages('nlme'), но затем, когда я пытаюсь установить phyloseq, он просто зависает при следующем пакете, который mgcv.Есть ли способ, которым я могу просто сказать R установить все зависимости, которые есть в других системах?

Очень любопытно, что я делаю здесь неправильно.Благодарю.Рад добавить больше информации по мере необходимости.

...