Почему R не может получить доступ к индексу для хранилища биокондуктора - PullRequest
Новая
       32

Почему R не может получить доступ к индексу для хранилища биокондуктора

2 голосов
/ 24 мая 2019

При попытке установить bioconductor (для установки пакета phyloseq) я получаю несколько предупреждений и сообщений об ошибках

Я получил новый жесткий диск несколько дней назад, поэтому мне пришлось переустанавливать все программы, включая R, со всеми пакетами, которые я обычно используюнеобходимость.Все работало нормально, пока я не попробовал bioconductor.

Я использую рекомендованный код, который работал для меня раньше: source ('http://bioconductor.org/biocLite.R') biocLite (' phyloseq ')

Ошибкаполученное сообщение:

Использование Bioconductor 3.7 (BiocInstaller 1.30.0), R 3.6.0 (2019-04-26). Путь установки недоступен для записи, невозможно обновить пакеты: кластер, обновление nlmeпакеты 'двухстороннее' Предупреждение: невозможно получить доступ к индексу для хранилища https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6:
невозможно открыть URL-адрес 'https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6/PACKAGES

Так что, очевидно, есть несколько проблем?

  1. Некоторые пакеты не могут быть обновлены из-за неправильного libpath и
  2. R не может открыть страницу с биокондуктором

Спасибо за ваши предложения!

1 Ответ

1 голос
/ 24 мая 2019

Bioconductor привязан к определенным версиям R. Вы пытаетесь использовать версию Bioconductor (3.7) для версии R (3.6), которая не соответствует.Существует карта между версиями, но основная проблема заключается в том, что вы используете библиотеки R-3.5 в надежде, что они будут работать в R-3.6.Вместо этого вы должны «начать заново» с конкретной установки R-3.6.Кроме того, «BiocInstaller» был заменен на BiocManager;Ваш «рекомендуемый код» устарел, как показано на пакете целевых страниц .

Если вы хотите продолжить использовать предыдущую установку библиотеки (обратите внимание, что это улица с односторонним движением -- вы отказываетесь от используемой установки R-3.5), попробуйте удалить ВСЕ версии пакетов BiocVersion и BiocInstaller.. 

remove.packages(c("BiocVersion", "BiocInstaller")) # repeat 'till all removed

Либо начиная с новой библиотеки, либо после удаления предыдущих версий BiocVersion / BiocInstaller, установите BiocManager из CRAN 

install.packages("BiocManager")

и займитесь своим делом 

BiocManager::install("phyloseq")

Обязательно проверьте правильность установки, чтобы не смешивать пакеты из разных версий Bioconductor 

BiocManager::valid()

Проверьте текущие целевые страницы пакетов, например, для phyloseq или установка стр.

...