Как я могу узнать номер канала файла Nifti в Python? - PullRequest
0 голосов
/ 21 февраля 2019

Я работаю над углубленным изучением медицинских изображений и использую пакет nibabel для чтения файлов .nii в python.Мой код показан ниже.

import numpy as np
from pylab import *
import nibabel as nib

img_path=r"C:\\Users\\Umit Kilic\\Komodomyfiles\\umit\\myfile.nii"

nii_obj=nib.load(img_path)
img=nii_obj.get_fdata()
slice1=(img[60,:,:])
slice2=(img[:,80,:])
slice3=(img[:,:,60])

Затем я выбираю срез и хочу видеть на рисунке.

figure()
imshow(slice2)
show()

Вывод приведенного выше фрагмента кода выглядит следующим образом: Output of code

После этого я хочу применить некоторые операции, такие как:

 slice2[:, :, 0] -= 123.68
 slice2[:, :, 1] -= 116.779
 slice2[:, :, 2] -= 103.939

Но я не могу.Причина, когда я запускаю этот код:

print(slice2.shape)

Вывод:

(121,121)

Обычно должен быть третий параметр, который сообщает количество каналов.Есть два параметра.Итак, мой slice2 оттенки серого или RGB?Как я могу применить операцию, которую я упомянул выше?

...