Параллельный вывод функции ввода в Snakemake

Question

Привет сообщество Snakemake,

У меня возникли некоторые проблемы с правильным определением функции в Snakemake и вызовом ее в разделе params .Вывод функции представляет собой список, и моя цель - использовать каждый элемент списка в качестве параметра команды оболочки.Другими словами, я хотел бы запустить несколько заданий параллельно одной и той же команды оболочки с другим параметром.

Это функция:

import os, glob
def get_scontigs_names(wildcards):
   scontigs = glob.glob(os.path.join("reference", "Supercontig*"))
   files = [os.path.basename(s) for s in scontigs]
   return name

вывод представляет собой список, который выглядит следующим образом:

['Supercontig0', 'Supercontig100', 'Supercontig2', ...]

Правила Snakemake:

rule all:
    input:
        "updated/all_supercontigs.sorted.vcf.gz"
rule update_vcf:
    input:
        len="genome/genome_contigs_len_cumsum.txt",
        vcf="filtered/all.vcf.gz"
    output:
        cat="updated/all_supercontigs.updated.list"
    params:
        scaf=get_scontigs_names
    shell:
        """
        python 3.7 scripts/update_genomic_reg.py -len {input.len} -vcf {input.vcf} -scaf {params.scaf}
        ls updated/*.updated.vcf.gz > {output.cat}
        """

Этот код неверен, поскольку все элементы списка загруженыв команду оболочки, когда я вызываю {params.scaf}.Текущие команды оболочки выглядят так:

python 3.7 scripts/update_genomic_reg.py -len genome/genome_contigs_len_cumsum.txt -vcf filtered/all.vcf.gz -scaf Supercontig0 Supercontig100 Supercontig2 ...

Я хотел бы получить: *

python 3.7 scripts/update_genomic_reg.py -len genome/genome_contigs_len_cumsum.txt -vcf filtered/all.vcf.gz -scaf Supercontig0

python 3.7 scripts/update_genomic_reg.py -len genome/genome_contigs_len_cumsum.txt -vcf filtered/all.vcf.gz -scaf Supercontig100

и т. Д.

Я пытался использовать wildcards внутри функции, но мне не удалось дать ей правильный атрибут.

ТамЕсть несколько постов о функциях ввода и символах подстановки, а также документы по змеиному мейкеру, но я не смог применить их к своему делу.Может кто-нибудь помочь мне с этим, пожалуйста?

Answer 1

Я нашел решение моего вопроса, вдохновленного @ dariober.

rule all:
input:
    "updated/all_supercontigs.updated.list"

import os, glob

def get_scontigs_names(wildcards):
    scontigs = glob.glob(os.path.join("reference", "Supercontig*"))
    files = [os.path.basename(s) for s in scontigs]
    name = [i.split('_')[0] for i in files]
    return name

rule update_vcf:
    input:
        len="genome/genome_contigs_len_cumsum.txt",
        vcf="filtered/all.vcf.gz"
    output:
        vcf="updated/all_{supercontig}.updated.vcf.gz"
    params:
        py3=config["modules"]["py3"],
        scaf=get_scontigs_names
    shell:
        """
        {params.py3} scripts/update_genomic_reg.py -len {input.len} -vcf 
        {input.vcf} -scaf {wildcards.supercontig}
        """


rule list_updated:
    input:
        expand("updated/all_{supercontig}.updated.vcf.gz", supercontig = 
        supercontigs)
    output:
        "updated/all_supercontigs.updated.list"
    shell:
        """
        ls {input} > {output}
        """

Answer 2

Что об этом ниже?Обратите внимание, что ваш get_scontigs_names не использует подстановочные знаки.

import os, glob

def get_scontigs_names():
   scontigs = glob.glob(os.path.join("reference", "Supercontig*"))
   files = [os.path.basename(s) for s in scontigs]
   name = [i.split('_')[0] for i in files]
   return name

supercontigs= get_scontigs_names()

rule all:
    input:
        "updated/all_supercontigs.sorted.vcf.gz"

rule update_vcf:
    input:
        len="genome/genome_contigs_len_cumsum.txt",
        vcf="filtered/all.vcf.gz",
    output:
        upd= "updated/{supercontig}.updated.vcf.gz",
    shell:
        r"""
        python 3.7 scripts/update_genomic_reg.py -len {input.len} \
            -vcf {input.vcf} -scaf {wildcards.supercontig}
        """

rule list_updated: 
    input:
        expand("updated/{supercontig}.updated.vcf.gz", supercontig= supercontigs),
    output:
        "updated/all_supercontigs.sorted.vcf.gz",
    shell:
        r"""
        ls {input} > {output}
        """