Союз списков глобальных карточек в Snakemae

Question

Я использую глобальные символы Snakemake для получения входных данных от файлов. У меня есть два вида файлов: a) файлы fastQ и b) сборки (fasta). Я могу использовать глобальный подстановочный знак для «чтения» fastq файлов и сборок.

FASTQ, =glob_wildcards( unzip_res + "{fastq}_R1.fastq")#unzipped fastq files
GENOMES, = glob_wildcards( renaming_res + "{genomes}.fasta")#assemblies
FASTQ=set(FASTQ)#set of fastq files
GENOMES=set(GENOMES)#set of assemblies

Как я могу построить объединение обоих наборов, чтобы иметь все образцы? То, что нужно, это что-то вроде

    SAMPLES=union(FASTQ,GENOMES)# NOT Running. all samples

Answer 1

Snakemake строится на Python, а в Python вы берете объединение двух наборов с |:

SAMPLES = FASTQ | GENOMES

Или вы можете использовать:

SAMPLES = FASTQ.copy()
SAMPLES.update(GENOMES)

Что бы вы ни предпочли.